Betere genetische vooruitgang met Relationship Based Genomic Selection


In de varkensfokkerij maakt genomic selection snelle opmars. Al in 2000 heeft PIC genotypering in het fokprogramma geïmplementeerd. Vorig jaar kreeg de genetische vooruitgang nog een extra boost dankzij Relationship Based Genomic Selection. Genomic selection biedt volop kansen en PIC gaat ervoor deze volledig te benutten.

PIC maakt grote stappen met genomic selection

Tien jaar geleden was het nog futuristisch maar inmiddels is genomic selection een ingeburgerde fokkerijtechniek in de varkenshouderij. PIC was vier jaar geleden de eerste fokkerijorganisatie die genomic selection wist te implementeren in het fokkerijprogramma.

Genomic selection is gebaseerd op zogenoemde SNP’s. Dit zijn plekken op het DNA waar de bouwsteen van de DNA-streng, de nucleotide, varieert tussen dieren. Met een zogenaamde SNP-chip zijn snel en relatief goedkoop een groot aantal (duizenden) SNP’s van een dier te typeren. Veel fokkerijorganisaties werken met een zogenoemde high-density SNP-chips. PIC heeft een eigen unieke high-density SNP-chip ontwikkeld om alle dieren in de genetische kernen te genotyperen.

Correct bepalen van verwantschap

EurotekenPIC gebruikt genomic selection als toevoeging op de traditionele BLUP-methode. BLUP is een statistische methode om fokwaardes te schatten. BLUP doet dat door familierelaties tussen dieren te koppelen aan informatie met betrekking tot prestatie van dieren. Door vervolgens deze fokwaardes te combineren met economie wordt een totaal index berekend. Met het gebruik van deze index streeft PIC naar het optimaliseren van het totaal rendement in de varkensketen (Total €conomy).

Een ander voordeel is het correct bepalen van de genetische verwantschap. De traditionele BLUP-methode gaat er vanuit dat broers en zussen 50 procent aan elkaar verwant zijn. Gemiddeld klopt dat, maar toomgenoten hebben niet exact dezelfde genen van hun ouders gekregen. Door het genotyperen van dieren is PIC in staat om de werkelijke verwantschap tussen dieren te bepalen. In de BLUP-fokwaardeschatting wordt de aangenomen verwantschap tussen dieren vervangen door de werkelijke verwantschap. Deze techniek heet Relationship Based Genomic Selection. PIC is de eerste fokkerijorganisatie die deze techniek geïmplementeerd heeft in zijn fokprogramma. “Daardoor zijn we beter in staat om de topdieren te selecteren”, vertelt Saskia Bloemhof, geneticus bij PIC. Dit heeft geresulteerd in een snellere genetische vooruitgang. “Voor sommige kenmerken is die zelfs verdubbeld”, aldus Bloemhof. Een voorbeeld is de genetische respons voor worpgrootte, waarbij ook de bigoverleving niet is vergeten.

Het PIC fokprogramma gaat uit van gebalanceerde selectie waardoor ook in de vleesvarkenshouderij de fokkerijkeuzes leiden tot betere resultaten en dus hogere opbrengsten. Door het optimaliseren van familierelaties in de BLUP-fokwaardeschatting heeft Relationship Based Genomic Selection een impact op alle kenmerken binnen het fokprogramma van PIC. “Genomic selection is de grootste sprong vooruit in de fokkerij sinds de introductie van BLUP”, aldus Bloemhof.

Zoektocht gaat door

De komende jaren gaat de zoektocht door naar de mogelijkheden die genomic selection brengt. Fokkerij op berengeur is al mogelijk en een begin is gemaakt met fokkerij op weerstand tegen ziekten zoals PRRS. Met genomic selection kan in theorie alles met meetbare verschillen tussen dieren meegenomen worden in de fokkerij: van smaak en gezondheid van vlees tot uitstoot van broeikasgassen. Dat biedt dus een schat aan mogelijkheden maar het zijn tijdrovende en dure trajecten. PIC kan daarbij terugvallen op moederbedrijf Genus, dat samenwerkt met wereldwijd gerenommeerde universiteiten op het gebied van genetica. Genus heeft een onderzoekbudget van circa €34 miljoen waarvan vorig jaar ruim de helft voor PIC beschikbaar was. Het zijn uiteindelijk de klanten van PIC die hiervan profiteren.

Laat wat van je horen

*